Unabhängig voneinander haben sich drei Gruppen von Sporozoen entwickelt. Amphicomplexa, früher noch gebräuchlich als Sporozoa, Microspora und Myxospora. Alle drei Sporozoengruppen rufen bei Garnelen und Flusskrebsen unterschiedliche Krankheiten hervor.

• Amphicomplexa (Sporozoa) dringen in Zellen ein und regen sie zu großem Wachstum an, so dass sie bei der Baumwollkrankheit mit dem bloßem Auge sichtbar werden. 
• Microspora ist beispielsweise durch Thelohania contejani vertreten, der in den Muskeln der Garnelen lebt. Dieser einzellige Parasit, auch als Porzellankrankheit bekannt, greift die Muskeln des Wirts an, welcher dadurch immer mehr in der Bewegung eingeschränkt wird.
• Myxospora, dieser lebt zwischen den Zellen seiner Wirte und ruft bei Garnelen eine milchige Verfärbung, die sogenannte Milchkrankheit, hervor.

Alle drei haben eines gemeinsam: Sie sind einzellige, innerhalb einer Zelle oder eines Zellverbands (intrazellular) lebende Parasiten mit einem komplexen Entwicklungszyklus und einer Länge von 2 bis 20 μm (Mikrometer, 10 μm = 0,01mm). Sie treten je nach Spezies entweder in freischwimmender Form im Wasser oder in festsitzender Form als Sporen in der Muskulatur, im Gewebe oder in Organen wie Muskeln, Herz, Kiemen, Geschlechtsorganen (Gonaden), Verdauungsdrüsen der Krebstiere (Hepatopankreas), in Nervenknoten (Ganglien), im Nervensystem und im äußeren Panzer (Carapax) als sichtbare Sporozysten auf.

Viele Weichtiere (Schnecken und Muscheln) dienen verschiedenen Sporozoen als Zwischenwirte, in denen sie auch Dauerstadien in einer Zystenhülle bilden. Dies ist auch bei der Baumwollkrankheit der Fall.